本路線提供沙田水泉澳邨、多石村、牛皮沙新村、小瀝源村、黃泥頭及廣源往來九龍東（彩虹、牛頭角、觀塘）的巴士服務（星期一至五早上時段以黃泥頭為總站），於1991年6月29日起配合大老山隧道通車而投入服務。最初總站設於廣源，1999年9月25日起因281A線投入服務，廣源巴士總站需騰出車坑，總站遷往黃泥頭。

由於初時本路線服務的地方甚少，一直以來只於平日繁忙時間及假日日間提供服務，在廣源邨居民及區議員不斷爭取下，於1995年1月16日起，在本路線不提供服務的時段，安排89D線繞經廣源邨一帶（1999年9月25日起改為繞經黃泥頭巴士總站）。1998年9月28日起改為全空調服務，是最後一條大老山隧道（非過海）路線改為空調服務，也是唯一一條由普通巴士直接改為全空調服務的大老山隧道（非過海）路線。

本路線投入服務以來，一直成為區議會及九巴角力之源頭，因為不少廣源邨居民及該區區議員多年來要求九巴把本路線提升至全日服務，但九巴及運輸署經常以89D線於本路線服務時段以外提供服務而拒絕，認為已經可應付需求，然而，隨著馬鞍山人口增加，馬鞍山居民對89D線需求不斷增加，行走該路線的巴士經常出現「頂閘」，令該線繞經黃泥頭的安排變得迂迴。

為解決89D線需繞經黃泥頭及廣源，導致往來馬鞍山至東九龍行車時間加長的問題，及因應廣源及黃泥頭居民一直爭取本路線改為全日服務，以減輕89D線的壓力，早於2014年《沙田區區域性巴士路線重組》中，九巴建議本路線提升至每天全日服務，總站延長至沙田站，來回程繞經小瀝源、黃泥頭及廣源，往觀塘方向改為取道觀塘繞道直入觀塘市中心，並改為循環運作，雖然整個沙田區區域性重組的主體建議受到沙田區議會交運會反對而擱置，但卻衍生了水泉澳往返觀塘碼頭的83A線，該線於2015年10月12日起投入服務，袛於星期一至五早晚繁忙時間提供單向服務。

踏入2016年，水泉澳邨第二、三、四期陸續落成入伙，當區人口不斷上升，因應地區人士及居民要求，九巴及運輸署於《2016-2017年度巴士路線計劃》中，再次建議本路線改為每天全日服務，總站並延長至水泉澳，延長路段取道廣善街、恆生管理學院（現稱香港恒生大學）、牛皮沙新村及多石街往來（星期一至五早上時段則維持不變，仍以黃泥頭為總站）。為配合本路線服務提升，83A線改為袛於星期一至五早上繁忙時間提供單向往觀塘服務，而89D線則全日不再經黃泥頭及廣源。此安排得到水泉澳邨（當時屬乙明選區）及馬鞍山多個選區區議員支持，但屬黃泥頭兩個選區的時任區議員——分別為新民黨／公民力量陳敏娟（廣源選區），以及民建聯王虎生（廣康選區）（二人同於2019年區議會選舉中連任失敗），仍擺著「山頭主義」作風，無視新界專線小巴808線已服務馬鞍山至廣源邨的事實，以「削減黃泥頭往返馬鞍山服務」為由，反對方案。經沙田區議會交通及運輸委員會多輪會議討論後，最終由2017年8月24日起，實施本路線與83A線的服務重組及提升，本路線當日起改為每天全日服務，沙田端總站延長至水泉澳（星期一至五早上時段仍以黃泥頭為總站），成為水泉澳第二條提供每天全日服務的對外路線（第一條為287X線），星期一至五早上繁忙時間由水泉澳往東九龍的服務則仍由83A線負責。改為全日服務後，沙田車廠（S）於同年9月改派Enviro500 MMC（ATENU）作掛牌車，取代富豪超級奧林比安12米（3ASV、AVW）。

其後，在九巴與沙田區議會多名議員於2017年9月11日的會議後，時任沙田區議會交通及運輸委員會副主席容溟舟（公民黨）表示，九巴決定開辦新線89S（黃泥頭至烏溪沙站（循環線），現已延長至圓洲角），取代89D線往返黃泥頭、廣源至馬鞍山一帶的服務，而89D線則全日不再途經廣源及黃泥頭。該項重組方案最終得以落實，89S線於2017年12月9日起投入服務。為配合該項改動，本路線提早頭車服務時間（星期一至五更在原有班次以前，增設由水泉澳經黃泥頭及廣源往東九龍的班次），以作替代89D線於清晨時段往返黃泥頭、廣源及東九龍的服務。