本路線為98C線的輔助線，提供將軍澳日出康城、峻瀅、清水灣半島、坑口、景林、寶林、茵怡花園及將軍澳隧道轉車站往來新蒲崗、九龍城、何文田、旺角、深水埗、長沙灣及美孚的巴士服務，前身為98C線星期一至五早晚繁忙時間途經將軍澳隧道的特快班次，於2002年8月11日起提供，初時兩邊總站與主線98C相同，當日起與常規班次來回程均繞經坑口地鐵站（現稱坑口站）巴士總站（2017年3月11日起與91M線於培成路南豐廣場的巴士站對調），特快班次去程並改經貿業路、運亨路、運隆路，中途不經翠林、康盛花園及寶達邨，為方便居民識別，2004年2月23日起該項特快服務獲獨立編號為98S（即本路線），來回程並繞經清水灣半島。不過，在清水灣半島上落的乘客並不多，客量多少要視乎主線98C的位置。本路線由主線98C及93K、98A、98D線抽車行走。

本路線開辦時的官方資料雖然有普通巴士價錢，但在以前98C線的特快班次都是以空調巴士行走，本路線開辦以來從未行走過普通巴士，2004年6月19日起本路線與主線98C一同改為全空調服務，成為唯一一條由開辦至改全空調服務，從未派出普通巴士行走的路線。為方便茵怡花園一帶居民，2006年12月4日起往美孚方向改由寶豐路左轉寶康路。

位於大小赤沙的大型私人屋苑「日出康城」第1期「首都」及第2期「領都／領峰」於2009年中起逐步落成入伙，該區位處偏僻，除港鐵康城站外，對外交通完全欠奉，隨著遷入的居民增多，居民及區議員不斷爭取直達市區的巴士服務，本路線於2010年9月10日起延長至日出康城（去程起點為環保大道「日出康城領都」巴士站，回程於環保大道（南行）日出康城領都對面（即MEGA Plus數據中心對出）作終站，後者於2018年12月改稱「MEGA Plus數據中心」），為該區居民提供港鐵以外另一對外交通的選擇，不過由於仍然袛於星期一至五早晚繁忙時間提供服務，其餘時間日出康城居民並無任何對外巴士往來，需仍然以港鐵出入，直至2011年8月14日起，新巴796X線延長至日出康城，才結束這一個局面。

九巴及運輸署於《2016-2017年度西貢區巴士路線計劃》中，建議本路線總站遷往康城站，進一步方便日出康城（首都、領都、領峯、領凱）及峻瀅居民可以於居所門外上下車，往將軍澳方向改經九龍城天橋，以減少受到九龍城迴旋處經常性擠塞影響班次穩定性。建議獲西貢區議會交運會通過後，於2016年11月28日起實施相關改動，與原建議不同的是，來回程亦改經九龍城天橋。路線更改後，往將軍澳方向的電子地點牌初時仍顯示「日出康城」，後來才改為「康城站」。

為配合將軍澳隧道轉車站（往將軍澳方向）於2020年10月2日起啟用，本路線當日起往將軍澳方向加停該處，並與停靠該轉車站的九巴路線提供免費互轉優惠，方便乘客前往將軍澳各區，往返藍田（康華苑、興田）及上秀茂坪的居民亦同樣受惠。惟因本路線在星期六及公眾假期不設服務，實際上於三天後（10月5日）才正式實施。直至2021年5月1日，將軍澳隧道轉車站（九龍方向）正式啟用，本路線往市區方向亦加停該處，並與停靠該轉車站的新巴／城巴路線、聯營過海隧巴690／690P線提供轉乘優惠，同樣因本路線在星期六及公眾假期不設服務，實際上於兩天後（5月3日）才正式實施。康城站總站初時位於港鐵康城站A出口的臨時公共運輸交匯處，2020年10月31日起，配合位於日出康城第五期「MALIBU」基座的永久公共運輸交匯處啟用而遷往該處。2021年8月30日起，為簡化坑口區行車路線，來回程改由培成路經銀澳路直接往返昭信路，不再經將軍澳醫院及昭信路（煜明苑）。

自2013年3月17日九巴調整票價後，本路線及主線98C線，以全程收費$10.10（現時全程收費$11.50），打破新巴798線全程收費$10.00（現時收費$12.30）的紀錄，曾經成為將軍澳區全程收費最高的日間非過海、非機場及北大嶼山巴士路線；不過，隨著「將軍澳至荃灣巴士線」290及290A線於2015年3月28日起投入服務，本路線此項全程收費紀錄被該兩線以全程收費$10.70（現時收費$11.70）打破。