本路線提供屯門碼頭、蝴蝶邨、新屯門中心、龍門居開往旺角、佐敦、尖沙咀的巴士服務，於1991年7月15日投入服務，初時由屯門碼頭單程開往尖沙咀碼頭，途經美孚及長沙灣道，初時只在平日上午於屯門碼頭開出三班，方便乘客往旺角及尖沙咀區上班。1992年9月1日起由美孚起改經西九龍走廊，不經長沙灣道，1999年2月8日起繞經龍門居。2001年10月18日起，配合尖沙咀碼頭巴士總站行人道擴建工程，縮短至彌敦道近中間道，自從西區海底隧道通車後，乘搭本路線前往尖沙咀碼頭轉乘渡輪的乘客大幅減少，而且總站泊位緊張，藉此減少前往尖沙咀碼頭的巴士路線，因此工程完成後，本路線都沒有遷回尖沙咀碼頭。

屯門南居民一直要求本路線增設回程，因此在居民及區議員大力爭取下，由2007年10月15日起，總站由尖沙咀彌敦道近中間道遷往九龍地鐵站（現稱九龍站），不再停靠美孚，並增設下午回程服務，走線在經過尖沙咀及旺角後，便取道西九龍走廊、荃灣路以特快途徑直達屯門南，並途經安定邨及友愛邨一帶。

本路線增設回程後，一度成為自1991年10月3日起九巴30X線撤出西九龍走廊後，首條來回程均途經西九龍走廊的專營巴士路線，也曾成為行走往來屯門至尖沙咀的晨早特別路線當中，首條及唯一一條增設下午回程服務的路線。隨著五天工作周日漸普及，星期六的乘客量出現明顯下降，加上屯門公路轉車站自2012年12月啟用後，往返尖沙咀的乘客享有更頻密的接駁服務及更多巴士路線選擇，因此藉屯門公路轉車站全面啟用而重整對外巴士服務，於2013年9月28日起，取消星期六服務。

九巴及運輸署於《2014-2015年度屯門區巴士路線發展計劃》，因應屯門碼頭一帶早晨特別線的客量受屯門公路轉車站影響而進一步下跌，建議取消259C線及併入本路線，後者同時繞經屯青里（2021年12月13日起不再繞經）及增設分段收費，同時終點站縮短至尖沙咀彌敦道近中間道，不再服務中港城及九龍站，並取消回程服務，以便騰出資源開辦259X線（龍門居至觀塘碼頭，經九龍灣商貿區）。翌年《2015-2016年度屯門區巴士路線計劃》，則因應區議員及地區人士的意見而保留259C線，但班次有所削減。最後修訂後的改動建議得到落實，於2015年12月28日起實施。由於正值2015年區議會選舉後不久，處於換屆期休會，當局繞過區議會的做法強行改動路線，惹來區議員非議。